组合贷款还款是分开还款的。组合贷款分为公积金贷款与商业贷款，两个贷款有独立还款的账户，到了还款日需要分别往两个账户里还款。当然，用户如果办理了公积金对冲业务，那么公积金的余额会用于归还房贷。用户在归还组合贷款时，也要注意分开还款。

如果将还款资金存入某一个账户中，那么将会出现另一个账户逾期的情况，这时候用户的个人征信会受到影响。