工行房贷扣款余额不足是会影响还款的，因为余额不足会导致扣款失败，还款日当天没有还款成功就算逾期。房贷逾期后银行会按天计算罚息，关键是逾期记录被上报到征信征信了，留下不良信用记录。

要是逾期次数太多，或者是时间比较长，后果就越严重，银行还可能会提前终止合同，让贷款人一次性提前偿还剩余本金和违约金，否则可能会把房子收回去拍卖掉来回收贷款本息。