信用卡分期付款后，用户消费的金额会一次性从信用卡可用额度中扣除，之后用户需要按照分期期数来还款。至于分期手续费，如果银行是一次性收取手续费，那么在分期后，第一期还款时用户就需要归还所有的手续费。而手续费是分期收取的，则每期用户都需要支付一部分手续费。

实际上，手续费如果一次性收取，用户选择提前还清，银行不会退还已收取的手续费。