专项附加扣除贷款扣除比例填错中途可以修改。在填写专项附加扣除的过程，如果发现扣除比例填报错误，用户都可以在个税APP内进行修改或者是删除后再重新申请。但是要注意必须在扣除生效前进行修改，如果住房贷款利息专项扣除已经生效，那么是无法修改的。
当然不仅仅是贷款扣除比例可以进行修改，其他的信息填报错误（比如子女教育，赡养老人的扣除比例等）也都可以修改。