助学贷款被全部扣完了是被学校划扣交了学费的原因，助学贷款的可贷额度是有限制的，有些时候助学贷款并不足以付清学费，如果遇到了这种情况学生还要自己补齐学费。

当然，如果助学贷款在付完学费以后还有剩，剩下的贷款也会在学生的专属账户当中，这种情况学生可以将剩余贷款提现。申请了助学贷款在毕业以后要记得按照合同来还款。