在申请住房贷款利息退税的时候，申报方式按需选择即可：

若通过扣缴义务人申报，那就是向单位申报，每月税务机关会把专项附加扣除相关信息推送至单位，单位计算出员工应预扣预缴的税款，再向税务机关办理全员全额纳税申报。简单来说，就是从工资中减去应缴税款。

而若是综合所得年度自行申报，则是直接向税务机关申报，由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴。

一般单位职工适合通过扣缴义务人申报，若是自由职业者或者个体工商户，则更适合综合所得年度自行申报。