农行二类电子账户注销，对于用户是没有什么影响的。二类电子账户主要是用于进行线上的投资理财，如果没有这方面的需求，是可以注销该账户的。而用户的一类账户，是与二类电子账户区分开来的，即使注销了二类账户，一类账户是不受任何影响的。

只不过如果之后要办理相关的业务，可能会需要重新开通二类电子账户。