如果用户已经有了一套房，二套房想要申请公积金贷款，这个也是可以的。只要首套房申请的是商业贷款，不管贷款有没有结清，二套房都可以什么公积金贷款。而首套房申请的是公积金贷款，必须是首套房结清，二套房才可以申请公积金贷款。

至于首套房是全款买的，就更加不会影响到二套房申请公积金贷款了，只不过这时候不享受首套房的贷款优惠。