备用金没有及时还，是会影响花呗的。备用金逾期以后，会降低芝麻信用分，同时逾期记录会上传到芝麻信用中。而芝麻信用，是花呗使用权限、额度的一个参考因素，如果近期芝麻信用有变动，系统经过评估后，是肯定会影响到花呗的。

用户如果不想备用金影响到花呗，一定要按时归还欠款，这样还有利于累积良好的信用记录。