生源地贷款交了学费又被扣了，可能是因为学校没有足额扣款导致的。因为助学贷款的资金是先到学校账户上，学校统一扣款后，钱才会发到学生的支付宝助学贷款账户中。如果第一次没有足额划扣，那么学校会进行第二次扣款。

学校划扣的一般是学费与住宿费，只要划扣的金额没有错误，多划扣几次可能是学校不同的部门需要分开收费。