助学贷款在还款的时候，如果是因为账户余额不足的原因一般是不会再自动扣款的，需要贷款人手动操作还款。如果是因为其他原因导致扣款失败，银行会进行补扣，所以要保证账号资金充足。

如果银行扣款失败，并且贷款人没有及时还清欠款，那么就会造成贷款人逾期，最后对贷款人的信用造成很大的影响，征信上面会留有不良贷款记录，以后再想贷款难度会很大。